Historia
Pierwotny, zapewne jeszcze drewniany kościół, został zbudowany w pierwszej połowie XIII wieku, wkrótce po zdobyciu i chrystianizacji Dorpatu przez zakon kawalerów mieczowych. Najstarsze fragmenty murowanego kościoła wzniesione zostały w XIV wieku. W 1323 został on po raz pierwszy wymieniony w dokumentach pisanych, a w drugiej połowie XIV dobudowano do niego wieżę przy fasadzie zachodniej.
Rewoltę ikonoklastów w czasie reformacji w latach 1524–1526, kościół przetrwał bez większych strat. Zniszczenia przyniosła dopiero wojna inflancka między państwem polsko-litewskim a Szwecją, Danią i carstwem Ruskim. Po zakończeniu konfliktu kościół został odbudowany, lecz ponownie mocno ucierpiał podczas wojny północnej. W 1704 należące wówczas do Szwecji Tartu zajęły oddziały rosyjskie, systematycznie niszczące miasto. Zniszczona została górna część wieży kościelnej, nawa środkowa oraz prezbiterium. Spłonął także ołtarz i drogocenna ambona. Dopiero w 1737 rozpoczęła się restauracja kościoła, przy okazji której dobudowano od strony południowej barokową kaplicę monachijską. W latach 1820–1830 przebudowano gruntownie wnętrze kościoła w stylu klasycystycznym. W 1944 kościół został zniszczony na skutek pożaru wywołanego gwałtownymi walkami o Tartu pomiędzy Armią Czerwoną a Wehrmachtem. Kościół długo pozostawał w ruinie, co doprowadziło w 1952 do zawalenia północnej ściany nawy głównej. Odbudowę rozpoczęto dopiero w 1989, a zakończono w 2005 roku.
Architektura
Kościół św. Jana jest budowlą trójnawową w formie bazyliki, do której przylega od zachodu czworoboczna wieża, a od wschodu wydłużone prezbiterium zamknięte na wschodzie wielobocznie. Po północnej stronie prezbiterium znajduje się zakrystia. Przy południowej części korpusu znajduje się kaplica tzw. lubecka o metryce średniowiecznej. Wieżę wzniesiono na planie kwadratu, stanowi ona przedłużenie nawy głównej i wznosi się na wysokość 63 metrów. Zewnętrzne elewacje kościoła zdobią fryzy i blendy. Zachodni portal zwieńczony został schodkową wimpergą z piętnastoma figurami w niszach.
Elewacje kościoła ozdobiło około dwa tysiące unikatowych, oddzielnie modelowanych figur z terakoty. Przedstawiały one postaci świętych, lecz umieszczono na nich także wizerunki fantastycznych zwierząt i groteskowych diabłów. Każda figura była ręcznie wycinana w mokrej glinie, tak że każdy z wizerunków różnił się od pozostałych. Niewykluczone, że wzór dla tych rzeźb stanowiły twarze kobiet i mężczyzn mieszkających w Dorpacie w XIV wieku.
Stan obecny
Kościół św. Jana jest dziś najlepiej zachowanym zabytkiem ceglanej architektury gotyckiej na terenie Estonii. Przedmiotem jego dumy są zwłaszcza unikatowe, oddzielnie modelowane figury z terakoty z XIV wieku. Podobno początkowo ich liczba przewyższała sumę wszystkich pozostałych rzeźb terakotowych, powstałych w średniowieczu w zachodniej Europie, lecz niestety wiele z nich zostało niestety zniszczonych podczas przebudowy kościoła, na skutek pożarów i wojen. Do czasów współczesnych przetrwała ponad połowa z nich. Oryginały znajdują się obecnie w pobliskim muzeum, w kościele mieszczą się natomiast ich wierne kopie.